L'elettroagopuntura si fonda sugli stessi principi e teorie alla base dell'agopuntura con aghi. Secondo i fondamenti della medicina cinese, il corpo umano è un'entità attraversata da un'energia vitale, il Qi, che scorre lungo canali ben definiti, i meridiani, i quali percorrono l'intero organismo, collegando tutti gli organi e gli apparati in un'unità funzionale. Lungo i meridiani si trovano numerosi punti di agopuntura, attraverso i quali è possibile influenzare lo scorrere del Qi. Nella concezione cinese le malattie nascono in seguito al disturbo della regolare circolazione del Qi nel corpo.

Durante una seduta di agopuntura il terapeuta cerca di eliminare blocchi o ristagni del Qi inserendo gli aghi in maniera mirata in determinate aree del corpo, in punti di agopuntura ben precisi. Nell'elettroagopuntura gli aghi vengono stimolati elettricamente, in modo che rilascino un debole flusso di corrente all’interno dei tessuti attorno ai rispettivi punti di agopuntura. Secondo la teoria della MTC in questo modo si stimola anche la circolazione del Qi.